Genome Tracer


Genome Tracer(ゲノムトレーサー)

ゲノムトレーサーとは、

D’isumのゲノムトレーサーは、DNA/RNA などの塩基配列データの集合を対象に、データ間の系統図を自動作成するクラウドサービスです。

塩基配列データの類似度に応じて、データを2次元平面上に配置することで、データのクラスタ構造を表示。系統図に沿って、上記平面状のデータ間が線で結ばれるので、平面マップ上で、データのクラスタ構造と系統図が一度に可視化されます。

ゲノムトレーサーの利用に際し、特別のスキルは必要とされません。塩基配列データ集合ファイルをアップロードすれば、左記の系統表示マップが自動生成されます。


想定利用例: ウイルスデータのマップ化

COVID-19の系統分析を簡単な操作で出来ます。

操作手順
①ウイルスの塩基配列データをアップロードします。※
②ゲノムトレーサーが自動的に塩基配列データを数値ベクトルデータに変換、系統判定アルゴリズムでウイルス間の系統を自動的にマップ化します。
③ウイルスの類似度に対応したクラスタの可視化、ウイルスデータ間の系統に応じた結合関係、ウイルスが採取された地域・時期などの属性データ、系統に沿った変異の大きさなどをマップ上で確認ができます。

新規ウイルスデータのリアルタイム・モニタリング

①既に出来上がったウイルスの系統マップ上に新規に取得したウイルスデータをリアルタイムでマッピングします。

②新規ウイルスデータと同じデータが既にマップ上にある場合は、同じ位置に新規データをプロット、同じデータがない場合は、マップ上の直系関係にあると判定されたデータの近傍に、プロットします。

他にも、遺伝子探索や植物種子のコピー調査などへの応用が期待できます。

※COVID19の塩基配列データは、以下のホームページにて公開されています。

GISAID https://www.gisaid.org

NCBI https://www.ncbi.nlm.nih.gov