D’isum ゲノムトレーサー
DNA/RNA などの塩基配列データの集合を対象に、データ間の系統図を自動作成するクラウドサービスです。

塩基配列データの類似度に応じて、データを2次元平面上に配置することで、データのクラスタ構造を表示します。すると、系統図に沿って、上記平面状のデータ間が線で結ばれるので、平面マップ上で、データのクラスタ構造と系統図が一度に可視化されます。
(※ゲノムトレーサーの利用に際し、特別のスキルは必要とされません。塩基配列データ集合ファイルをアップロードすれば、上記の系統表示マップが自動生成されます。)

想定利用例

ウイルスデータのマップ化 〜COVID-19の系統分析を簡単な操作で実現〜

<操作手順>

  1. ウイルスの塩基配列データをアップロードします。
  2. ゲノムトレーサーが自動的に塩基配列データを数値ベクトルデータに変換、系統判定アルゴリズムでウイルス間の系統を自動的にマップ化します。
  3. ウイルスの類似度に対応したクラスタの可視化、ウイルスデータ間の系統に応じた結合関係、ウイルスが採取された地域・時期などの属性データ、系統に沿った変異の大きさなどをマップ上で確認ができます。
    genometracer3※COVID19の塩基配列データは、以下のホームページにて公開されています。
    GISAID https://www.gisaid.org
    NCBI https://www.ncbi.nlm.nih.gov

新規ウイルスデータのリアルタイム・モニタリング

<操作手順>

  1. 既に出来上がったウイルスの系統マップ上に新規に取得したウイルスデータをリアルタイムでマッピングします。
  2. 新規ウイルスデータと同じデータが既にマップ上にある場合は、同じ位置に新規データをプロット、同じデータがない場合は、マップ上の直系関係にあると判定されたデータの近傍に、プロットします。

genometracer4

その他、遺伝子探索や植物種子のコピー調査などへの応用が期待できます。

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